Czantoria Wielka ma również walory przyrodnicze, co doceniono wyznaczając niemal stuhektarowy obszar rezerwatu na północnym stoku góry. Perełką natury jest sięgający wysokości 800 metrów nad poziomem morza las składający się z buków, jesionów i jodeł. Przyrodnicy zdokumentowali tutaj egzemplarze jesionów o wysokości przekraczającej 30 metrów. Rejon ten zamieszkują: myszołowy włochate, liczne dzięcioły, puchacze oraz rzadkie i stroniące od ludzi bociany czarne. Szansa na zobaczenie tych gatunków jest jednak niewielka: to miejsce tłumnie odwiedzane przez turystów. Przyrodę Czantorii docenili również Czesi organizując po swojej stronie podobny rezerwat.
